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Existes diversas técnicas de limpieza para el caso de los moluscos:

- Limpieza manual (fregado y/o cepillado): Generalmente es un proceso sencillo, pero las conchas pueden ser dañadas fácilmente. Dependiendo de la especie puede llegar a producir un efecto negativo, con pérdidas de hasta un 10%. Si bien el porcentaje no es elevado requiere una labor muy intensiva, siendo comercialmente poco viable por sus elevados costos laborales.

- Limpieza mecánica: Puede involucrar un tambor de lavado o cepillos mecánicos que, a menudo, forman parte de la cadena de procesamiento antes del empaquetamiento para la venta y transporte. Las pérdidas, en términos de mortalidad, pueden ser como mucho el 20% del peso final, lo que reduce el valor del producto obtenido. Un tema adicional es el requerimiento de ajuste y afinamiento de la maquinaria en forma regular y dependiendo del tipo de molusco que se desea limpiar.

- Inmersión en agua caliente: Las conchas son limpiadas con agua caliente y el equipamiento requerido para este tratamiento tiene una duración de 2 años. Esta técnica fue calificada de muy fácil uso, pero el daño a las especies es cercano al 5% de pérdidas del stock.

- Lavados a alta presión: Es una técnica efectiva para remover todos los tipos de fouling. Como en el fregado manual, esta técnica puede ser una labor intensiva, pero debe ser limitada en su uso para especies delicadas como los ostiones. Para especies más resistentes puede ser usada periódicamente durante el periodo de crecimiento para la reducción de los niveles de fouling o para prevenir una reducción en las tasas de crecimiento.

- Baños en agua dulce: Los mejillones no son mayormente afectados si son sumergidos dos días en baños de agua dulce a un costo relativamente bajo, aunque el agua deba ser cambiada para mantener la salinidad. Esto puede ser hecho probablemente en ostras, ya que éstas también pueden cerrarse.

- Baños en soluciones químicas: Diferentes soluciones químicas (ácido acético, lima hidratada, salmuera saturada o soluciones de hipoclorito), han sido utilizadas para matar las especies del fouling en moluscos con diferentes niveles de éxito. Este tipo de tratamiento (baños químicos) se han mostrado como los más efectivos contra especies de fouling de cuerpo blando (ej. ascideas). La duración requerida de tratamientos para matar especies de fouling de cuerpo duro, con soluciones de acido acético, resulta en la muerte del 50% del stock.

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